首个八倍体栽培品种‘红颜’草莓T2T基因组图发布

近日，中国农业科学院郑州果树研究所草莓种质改良团队联合深圳基因组所联合发布八倍体栽培品种‘红颜’草莓T2T基因组，系统解析了八倍体草莓亚基因组结构和遗传分化，并解析了亚基因组的表观遗传进化机制。相关成果发表于《园艺研究（Horticulture Research）》。

‘红颜’草莓是我国生产主栽品种，其品质优良、丰产性强、商品性好，但对炭疽病、白粉病等抗性差，严重制约草莓产业的健康发展。该研究以‘红颜’草莓为材料，利用PacBio HiFi、Hi-C和ONT超长测序数据，从头组装八倍体草莓T2T基因组，鉴定出包含ABCD四个亚基因组共109,320个基因。数据分析表明，A亚基因组的结构变异（CVs）最少，编码基因最多，重复序列最少，经历更强的净化选择，成为优势亚基因组。构建草莓属植物系统进化树，发现B亚基因组与饭沼草莓（ F .  iinumae ）聚为一支，且与C、D亚基因组来源于同一祖先。栽培草莓果实发育时期表观遗传分析表明CG、CHG和CHH的甲基化水平在A亚基因组中均低于其他亚基因组。基于果实发育三个时期的转录组数据，发现亚基因组A偏向表达基因高于其他亚基因组，且A偏向表达同源基因多为基因体甲基化（gbM）。‘红颜’草莓T2T基因组成功组装注释和全基因组甲基化分析为后续开展基因功能挖掘以及品质和抗性分子育种提供了理论和数据支撑。

图注：‘红颜’草莓T2T基因组和表观遗传

中国农业科学院郑州果树研究所宋艳红博士和深圳农业基因组所彭艳玲博士为论文共同第一作者，郑州果树研究所周厚成研究员和深圳农业基因组所周永锋研究员为共同通讯作者。

该研究得到了国家重点研发、河南省重大科技专项、河南省大宗水果产业技术体系和中国农业科学院科技创新工程项目的资助。（通讯员：齐文莉）